Cover van IONISATION & DÉSERTS in 1967 - percussie in Lumpy Gravy, waarin hij ook stukken Stravinsky verwerkte; Ionisation stond op de eerste langspeelplaat die Frank zelf kocht
Cover van TAKE YOUR CLOTHES OFF WHEN YOU DANCE in 1968 - zelfde thema versneld in instrumentale laatste anderhalve minuut van Lumpy Gravy Part 2
Cover van WHIPPING POST in 1984 - het was een uitdaging voor Zappa om deze Allman Brothers-song te coveren nadat hij erom verzocht werd tijdens een concert in Helsinki in '74 (te horen op You Can't Do That On Stage Anymore - Vol. 2); tien jaar later kwam het er dan toch van op de dubbel-lp Them Or Us en in '86 op Does Humor Belongs In Music met Dweezil op leadgitaar
Cover van BACON FAT in 1988 - met eigen woorden op Broadway The Hard Way
Cover van ELVIS HAS LEFT THE BUILDING in 1989 - als Elvis Has Just Left The Building; totaal ander nummer over rock-necrology in het algemeen en Elvis-verheerlijking in het bijzonder
Cover van STOLEN MOMENT, THE in 1989 - idem op Broadway The Hard Way, met Sting ("Mr. Sting")
Cover van MURDER BY NUMBERS in 1989 - op Broadway The Hard Way, met Sting ("Mr. Sting")
Cover van TAURUS in 1991 - deed Stairway To Heaven als bedenkelijk aandenken aan die keer dat al zijn apparatuur in de fik ging toen een fan een vuurpijl afstak tijdens een optreden in Montreux en achteraf bleek dat de jongens van Deep Purple van aan de overkant van het Meer van Genève naar die rookpluim zaten te kijken en hierdoor geïnspireerd raakten voor Smoke On The Water